折叠滤芯微滤膜根据膜孔的形态结构可以分为两类，一类是具有毛细管状孔的筛网型微滤膜，一类是具有弯曲孔结构的深度型微滤膜。前者是一种理想状态下的情况，此类膜一般具有理想的圆柱形孔，对大于其孔径的物质可以起到过滤作用;后者有弯曲孔结构的深度型微滤膜，在实际中经常应用，从表面上看它是粗糙的，实际不内部孔结构错综复杂，互相交织在一起形成了一个立体网状结构，在溶液经过时，截留、吸附、架桥三种作用同时起作用，因此深度型微滤膜可以去除粒径小于其表观孔径的微粒。

微滤膜因膜材料和制备工艺的不同，大体上有以下两种膜截面结构;对称结构和不对称结构。具有对称截面结构的微滤膜称为对称微滤膜，对称膜的截面结构和膜材质上都是均匀的，没有物理孔上的明显差异，一般制备方法有相转化、延伸、烧结等方法;非对称膜则相反，膜截面结构明显呈现出不对称性，其表面为极薄的起分离作用、具有一定孔径的皮层，而多孔的支撑层位于皮层之下，非对称膜有相转化膜和复合膜两种，前者皮层和支撑层是同一种材料，通过相转化过程形成非对称结构，后者皮层和支撑层则由不同的材料组成，通过在支撑层上进行浇铸、界面聚合、等离子聚合、核径迹蚀刻等方法形成超薄皮层。